Управление «УЦКБ» осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности в соответствии с Уставом, нормативными правовыми актами, действующим в РФ. Деятельность учреждения регламентируется локальными актами. Высшим руководящим органом учебного центра является общее собрание участников и его решения.
Для оперативного руководства деятельностью центра назначается единоличный исполнительный орган «УЦКБ» — Начальник учебного центра, который осуществляет текущее руководство деятельностью центра и подотчетный общему собранию «УЦКБ». Заместитель начальника и бухгалтер подотчетны Начальнику учебного центра и исполняют обязанности в соответствии с должностными обязанностями, распределением полномочий и распоряжениями Начальника учебного центра.
Кроме того в «УЦКБ» действуют такие коллегиальные органы управления, как педагогический совет и общее собрание работников центра. Управление образовательным процессом осуществляется на основе должностных инструкций, согласно штатному расписанию.